現象#

このようにファイルを1行ずつ読み込んで出力するだけのプログラムを作ります。

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with open("./input.txt") as f:
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  for line in f:
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    print(line, end='')

input.txtの改行コードは\r\nです。

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$ od -c input.txt
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0000000   h   o   g   e  \r  \n   f   u   g   a  \r  \n   p   i   y   o
3
0000020

実行して結果をファイルに出力します。

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$ python3 main.py > output.txt

output.txtの改行コードは\nになってしまいます。ついでにファイルの最後にも改行コードが付与されています。

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$ od -c output.txt
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0000000   h   o   g   e  \n   f   u   g   a  \n   p   i   y   o  \n
3
0000017

解決策#

先ほどのプログラムをこのように修正します。openにnewline引数を追加してやりました。

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with open("./input.txt", newline='') as f:
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  for line in f:
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    print(line, end='')

このプログラムで出力されたファイルの改行コードは、変換されずにそのままになります。

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$ od -c output.txt
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0000000   h   o   g   e  \r  \n   f   u   g   a  \r  \n   p   i   y   o
3
0000020

newlineを指定しない場合、デフォルトではNoneになります。このときの動作は、\r、\n、\r\nを改行コードとしてみなして、勝手に全部\nとして扱います。
newline=''とすると、改行コードを変換せずそのまま扱います。

試してはいませんが、newlineに\r\nとかを指定すれば、\r\nだけを改行コードとして扱えたりもするらしいです。

勝手に改行コード変えられると思わぬところで躓くことがあると思うのですが、なぜデフォルトで変換するような挙動になってるんでしょうね。

参考：

https://docs.python.jp/3/library/functions.html